La Universidad Nacional de La Plata es autónoma, es decir, dicta su propio ,  elige sus propias autoridades y administra su patrimonio cultural, físico y económico-financiero. Tal como lo señala su estatuto, el gobierno de la Universidad es ejercido por el Presidente, la Asamblea Universitaria, y el Consejo Superior.

Presidente
El Presidente es el representante máximo de la Universidad en todos los actos cívicos, administrativos y académicos. Entre otras funciones Tiene a su orden los fondos de la Universidad y decide sobre los pagos que deban verificarse y las entregas a las respectivas dependencias del importe de las partidas que les hayan sido acordadas. Además se encarga de planificar y organizar las Secretarías de la Universidad y proponerlas al Consejo Superior para su aprobación; puede nombrar y remover a los empleados y personas de servicio de la Universidad, cuyo nombramiento no esté atribuido al Consejo Superior o a otras autoridades universitarias.

Asamblea Universitaria
La Asamblea Universitaria es el órgano supremo de la Universidad. Se reúne convocada por el Presidente, por la mayoría absoluta de los miembros del Consejo Superior o a requerimiento de un cuarto, por lo menos, de los miembros de la Asamblea Universitaria.
Está integrada por los profesores, JTP, Ayudantes Diplomados, Graduados y Estudiantes que integran los consejor directivos; 10 representantes no docentes y un representante docente de cada establecimiento del sistema de pregrado universitario. Cada gremio (ATULP, ADULP y FULP), tiene un representante con voz y sin voto.

Sus funciones esenciales son: modificar el Estatuto Universitario, elegir al Presidente de la Universidad y considerar, con carácter extraordinario, los asuntos que le sean sometidos y que interesen al funcionamiento de la Universidad o al cumplimiento de sus fines. Además puede ejercer todo acto de jurisdicción superior no previsto en estos Estatutos.