La Biblioteca especializada cuenta con más de 3.600 volúmenes, entre los que se encuentran el Boletín Musical de Ybarra (1837), manuscritos de Juan Pedro Esnaola (1808-1878), diccionarios musicales, partituras de música de cámara, volúmenes de operas completas, colecciones de historia de la música del siglo XVIII, libros sobre luthería, entre otros. Se destaca también bibliografía con soportes sonoros.

Actualmente el Museo se encuentra en un proceso de revisión y actualización en todas sus áreas, por este motivo la posibilidad de atención al público está condicionada al momento en que se solicite.